가축위생방역지원본부는 기획재정부에서 실시한 “2014년도 공공기관 고객만족도 조사”결과 기타공공-관리형 그룹에서“A등급”을 받아 5년 연속 우수기관으로 선정되었다.

조사과제 중 돼지열병 근절사업의 경우 96.2점을 획득하여 전년대비 5.2점(5.7%) 상승했다.

2015년에는 서비스를 제공하는 직원의 CS 역량강화 교육 실시, 고객분석을 통한 선택적 집중관리, CS 홍보물 제작·배포, 전화예찰센터를 통해 상시 모니터링 실시로 체계적인 고객관리를 추진함으로써 고객불만을 최소화 할 계획이라고 밝혔다.